examples/POPI/popi-0.9-rpy2.patch

   1 diff -ur popi-0.9/rlranklib.py popi-0.9-rpy2/rlranklib.py
   2 --- popi-0.9/rlranklib.py       2011-08-17 15:30:31.000000000 +0200
   3 +++ popi-0.9-rpy2/rlranklib.py  2011-09-16 05:28:16.547000068 +0200
   4 @@ -5,10 +5,13 @@
   5  # $Header: /data/cvsroot/plportest/anadata/rlranklib.py,v 1.11.2.1 2007/11/26 08:46:29 lgh Exp $
   6
   7  import random
   8 -from rpy import *
   9 +import rpy2.rpy_classic
  10 +from rpy2.rpy_classic import *
  11  from math import sqrt, log
  12  from sets import Set
  13
  14 +rpy2.rpy_classic.set_default_mode(rpy2.rpy_classic.BASIC_CONVERSION)
  15 +
  16  safe_eff = [None,1.365,1.208,1.116,1.110,1.104,1.064,1.064]
  17
  18  def calc_rlrank(lrs, opt_ranktype):
  19 @@ -66,7 +69,7 @@
  20          riag = [ rlranks[i] for i in range(0, len(rlranks)) if partition[i] == igrp ]    # rlranks in a group
  21          if len(riag) == 1:
  22              continue
  23 -        threshold = r.qtukey(alpha, len(riag), 1000)*sqrt(1.0/12/nb)*len(riag)/len(rlranks)
  24 +        threshold = r.qtukey(alpha, len(riag), 1000)[0]*sqrt(1.0/12/nb)*len(riag)/len(rlranks)
  25          range_    = max(riag) - min(riag)
  26          if verbose:
  27              print "   ", igrp, len(riag), min(riag), max(riag), range_, "%.3f" % threshold,
  28 @@ -99,7 +102,7 @@
  29          return True
  30
  31      # t = r.qtukey(alpha, len(arrs), 1000)*sqrt(1.0/12/nb)*(len(arrs)+1)/ksum
  32 -    t = r.qtukey(alpha, km, 1000) * sqrt((km*km-1)/12.0/nb) / ksum
  33 +    t = r.qtukey(alpha, km, 1000)[0] * sqrt((km*km-1)/12.0/nb) / ksum
  34      if km <= len(safe_eff):
  35          t = t * safe_eff[km-1]
  36      if max(arrs) - min(arrs) > t:
  37 Binary files popi-0.9/rlranklib.pyc and popi-0.9-rpy2/rlranklib.pyc differ