src/nepi/util/statfuncs.py

   1 #
   2 #    NEPI, a framework to manage network experiments
   3 #    Copyright (C) 2013 INRIA
   4 #
   5 #    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   6 #    it under the terms of the GNU General Public License as published by
   7 #    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   8 #    (at your option) any later version.
   9 #
  10 #    This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 #    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 #    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 #    GNU General Public License for more details.
  14 #
  15 #    You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 #    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #
  18 # Author: Alina Quereilhac <alina.quereilhac@inria.fr>
  19
  20 import math
  21 import numpy
  22 from scipy import stats
  23
  24 def compute_mean(sample):
  25     # TODO: Discard outliers !!!!
  26
  27     if not sample:
  28         print " CANNOT COMPUTE STATS for ", sample
  29         return (0, 0, 0, 0)
  30
  31     x = numpy.array(sample)
  32
  33     # sample mean and standard deviation
  34     n, min_max, mean, var, skew, kurt = stats.describe(x)
  35     std = math.sqrt(var)
  36
  37     # for the population mean and std ...
  38     # mean = x.mean()
  39     # std = x.std()
  40
  41     # Calculate confidence interval t-distribution
  42     ## BUG: Use quantil of NORMAL distribution, not t-student quantil distribution
  43     ci = stats.t.interval(0.95, n-1, loc = mean, scale = std/math.sqrt(n))
  44
  45     return (mean, std, ci[0], ci[1])
  46