src/nepi/util/statfuncs.py

   1 #
   2 #    NEPI, a framework to manage network experiments
   3 #    Copyright (C) 2013 INRIA
   4 #
   5 #    This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   6 #    it under the terms of the GNU General Public License version 2 as
   7 #    published by the Free Software Foundation;
   8 #
   9 #    This program is distributed in the hope that it will be useful,
  10 #    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 #    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  12 #    GNU General Public License for more details.
  13 #
  14 #    You should have received a copy of the GNU General Public License
  15 #    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  16 #
  17 # Author: Alina Quereilhac <alina.quereilhac@inria.fr>
  18
  19 from __future__ import print_function
  20
  21 import math
  22 import numpy
  23 from scipy import stats
  24
  25 def compute_mean(sample):
  26     # TODO: Discard outliers !!!!
  27
  28     if not sample:
  29         print(" CANNOT COMPUTE STATS for ", sample)
  30         return (0, 0, 0, 0)
  31
  32     x = numpy.array(sample)
  33
  34     # sample mean and standard deviation
  35     n, min_max, mean, var, skew, kurt = stats.describe(x)
  36     std = math.sqrt(var)
  37
  38     # for the population mean and std ...
  39     # mean = x.mean()
  40     # std = x.std()
  41
  42     # Calculate confidence interval t-distribution
  43     ## BUG: Use quantil of NORMAL distribution, not t-student quantil distribution
  44     ci = stats.t.interval(0.95, n-1, loc = mean, scale = std/math.sqrt(n))
  45
  46     return (mean, std, ci[0], ci[1])
  47